Ar-Ge Faaliyetleri

Ar-Ge Faaliyetleri

---

PROJE NO: 1

Projenin adı: COVID-19 Tespiti İçin İzotermal Amplifikasyon Yöntemi Optimizasyonu

Proje destekleyeni: İstanbul Medipol Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeler (BAP)

Çağrı kodu-Proje numarası: Sağlık Bilimleri/Bağımsız Araştırma

Proje bütçesi/süresi: 108 500,00 TL/ 6 ay

Proje yürütücüsü: Prof. Dr. Ahmet Zeki ŞENGİL, Ankara Medipol Üniversitesi

Projenin amacı ve konusu: Pandemiye dönüşmüş olan COVİD-19 için tanı amacıyla Real-Time PCR yöntemi kullanılmaktadır. Bu yöntem yaygın olarak kullanılmasına karşın kompleks cihaz ve uzman ekip gerektirdiği için yeteri kadar yaygınlaşamamakta ve sağlık taramaları yavaş ilerlemektedir. Bu amaçla kompleks cihaza gerek duymayan ve 30 dakika içerisinde sonuç veren izotermal amplifikasyon yönteminin geliştirilmesi önerilmektedir.

Önerilen proje ile üretilecek tanı kiti, izotermal DNA amplifikasyon yöntemi ile COVİD-19’un hızlı teşhisini gerçekleştirecektir. Tanı kiti kolorimetrik tanı karışımı, pozitif kontrol ve negatif kontrol ürünlerini içerecektir. Geliştirilen kolorimetrik amplifikasyon karışımı ile kompleks görüntüleme sistemlerine ihtiyaç duymadan virüs varlığı tespit edilebilecektir. Yine projeye konu olan tanı kitine özgü olarak tasarlanan primer karışımı COVİD-19 virüsü yüksek hassasiyette ve özgüllükte tespit edilecektir.

Bu sayede;

• Tam donanımlı laboratuvarlara bağımlı olan kompleks ve pahalı sistemler olan PCR, RT-PCR, UV görüntüleme cihazlarına gerek kalmayacaktır,
• Çalışma ve sonuç değerlendirme için uzman personele ihtiyaç duyulmayacaktır, tanı kiti herhangi bir personelin çalışıp, değerlendirebileceği basitlikte olacaktır.
• Geliştirilecek yöntem sayesinde 90-120 dk arasında olan amplifikasyon süresi 30 dk’ya düşürülecektir. Böylece aynı süre içerisinde 3 kat daha fazla numune çalışılabilecektir.
• Kompleks cihazlara ihtiyaç duymadığı için, gezici sağlık personellerinin araçlarında, doktorların muayenehanesinde, havaalanlarında, karantina merkezlerinde kısacası sahanın her alanında uygulanabilmektedir.

Projenin sonucu: COVİD-19 tanı kitinin prototip düzeyinde optimizasyonu gerçekleştirilmiştir.

---

PROJE NO: 2

Projenin adı: “COVİD-19 İzotermal Tanı Kiti, COV-ID (CoronaVirus Isothermal Diagnosis)”

Proje destekleyeni: Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TUSEB). “2020-CV-01 Covid-19 Stratejik Ar-Ge Proje Çağrısı”

Çağrı kodu-Proje numarası: 2020-CV-01-8790

Proje bütçesi/süresi: 564 500,00 TL/ 6 ay

Proje yürütücüsü: Prof. Dr. Ahmet Zeki ŞENGİL, Ankara Medipol Üniversitesi

Projenin amacı ve konusu: COVİD-19’un hızlı ve hassas tanısı için, kullanımı ve sonucu yorumlaması kolay, kısa surede sonuç veren, izotermal nükleik asit tabanlı tarafımızdan geliştirilen tanı kitinin saha çalışmalarının yapılması ve son ürüne dönüştürülmesidir.

Yeni Coronavirus (COVİD-19, Sars-CoV-2) salgınının Çin’de ortaya çıkmasıyla beraber kısa sürede bütün dünyada yüz binlerce kişiyi enfekte etmiş ve on binlerce kişinin ölümüne neden olmuştur. Dünya sağlık örgütü ve ABD, Çin, Güney Kore gibi ülkelerin ulusal laboratuvarları, RT-PCR temeline dayalı tanı kitleri için primer, prob setlerini ve protokollerini ivedi bir şekilde bütün dünyanın kullanımına açmıştır. Kit üreticileri ise bu bilgiler doğrultusunda tanı kitlerini üretmiş ve hastanelerde tanı amacıyla kullanıma sunmuşlardır. Mevcut tanıda, klinik semptomlar ve moleküler yöntemler birleştirilir ancak COVİD-19’da klinik semptomlar soğuk algınlığı ve grip ile oldukça benzer olduğu için kesin tanı için moleküler test sonuçlarına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu moleküler yöntemler yeni nesil dizileme ve RT-PCR yöntemleri her ikisi de mükemmel ve oldukça hassas yöntemlerdir. Ancak her iki yöntem de ciddi sınırlandırmalara sahiptir. Yeni nesil dizilemede, verim, çalışma süresi, oldukça yüksek maliyet ve yüksek uzmanlık gereksinimi önemli kısıtlamalardandır. Çoğu moleküler tanılamada olduğu gibi, Real Time PCR en yaygın kullanılan yöntemdir, ancak pahalı laboratuvar aletleri gerektirir ve iyi donanımlı tesislerin dışında kullanılması oldukça zordur. Ayrıca aynı örnekte farklı kombinasyonlarının olduğu durumda yüksek oranda hastaya yanlış negatif teşhisi konulmaktadır.

Geliştirilen kitte ise; bu kısıtlamaların önüne geçebilmek için farklı bir amplifikasyon yöntemi düşünülmüş ve 2000’li yıllarda geliştirilen ilmiğe dayalı izotermal amplifikasyon (LAMP) reaksiyonunun uygun olduğu görülmüş ve kullanılmıştır. Geliştirilen bu teknolojide, hedef gen üzerindeki farklı altı bölgeyi tanıyan 4 veya 6 farklı primer tasarlanmaktadır. Bu nedenle yöntem yüksek hassasiyet ve özgüllüğe sahiptir. Sarmal yer değiştirme (strand displacement) aktivitesi olan Bst polimeraz ve özel tasarımlı primerler sayesinde amplifikasyon tek aşamada ve sabit bir sıcaklıkta gerçekleşmektedir. Böylece çok kısa sürelerde yüksek miktarlarda reaksiyon ürünü elde edilebilmektedir. Bu doğrultuda tanı kitlerinin kolay uygulanabilir olması, kompleks ve pahalı cihazlara bağımlı olmaması, mümkünse taşınabilir/hasta başı uygulanabilir olması ve uzman gereksinimini en aza indiriyor olması arzu edilen hedefe uygun olacaktır.

Projenin sonucu: Proje devam ediyor.